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S’inscrivant dans la continuité de la loi 2024-364 du 22 avril 2024, un décret et un arrêté ont été publiés au JORF n°0144 du 22 juin 2025.

1) Décret n° 2025-564 du 21 juin 2025 relatif aux régimes dérogatoires de report et d’indemnisation des droits à congé annuel dans la fonction publique

Publics concernés : fonctionnaires et contractuels des trois versants de la fonction publique, magistrats de l’ordre judiciaire.
Objet : le décret fixe le régime applicable au maintien des droits acquis avant et pendant un congé pour raison de santé ou lié aux responsabilités parentales ou familiales et au maintien des droits acquis avant un congé parental. Il fixe également le régime d’indemnisation des congés annuels non pris en fin de relation de travail.
Entrée en vigueur : le décret entre en vigueur le 23 juin 2025. 

2) Arrêté du 21 juin 2025 relatif aux modalités d’assiette et de calcul de l’indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique territoriale

Le présent arrêté fixe les modalités de calcul de l’indemnité compensatrice de congé annuel non pris en fin de relation de travail. Il défini les éléments de rémunération exclus de l’assiette.

 

En matière de report :

  Le décret reprend la jurisprudence applicable en matière du nombre de jours de congés annuels reporté du fait de la maladie : report des droits non utilisés dans la limite de 4 semaines maximum.

Il est ainsi prévu que :

« Lorsque le fonctionnaire est dans l’impossibilité,

    • -> du fait d’un congé pour raison de santé,
    • -> ou du fait d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales,

de prendre son congé annuel au cours de l’année au titre de laquelle il lui est dû, il bénéficie d’une période de report de 15 mois, dont la durée peut être prolongée sur autorisation exceptionnelle de l’autorité territoriale.

La période de report débute à compter de la date de reprise des fonctions. Pour les congés annuels acquis pendant un congé pour raison de santé ou un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, elle débute, au plus tard, à la fin de l’année au titre de laquelle le congé annuel est dû.

A l’exclusion du cas où le fonctionnaire bénéficie d’un report du fait d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, le report est limité aux droits non-utilisés relevant des 4 premières semaines de congé annuel par période de référence ».

« Pour le report de congé annuel du fait d’un congé lié aux responsabilités familiales ou parentales, les dispositions du présent décret sont applicables aux situations individuelles pour lesquelles un droit au report peut être constaté du fait d’un congé dont l’échéance est postérieure à la date d’entrée en vigueur de la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024 portant diverses dispositions d’adaptation au droit de l’Union européenne en matière d’économie, de finances, de transition écologique, de droit pénal, de droit social et en matière agricole ».

 

Le décret institue également une indemnité de compensatrice annuelle


« Lorsque le fonctionnaire n’a pas été en mesure de prendre son congé annuel avant la fin de la relation de travail, les droits non-utilisés donnent lieu à une indemnité compensatrice.

A l’exclusion des droits non-consommés du fait d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, cette indemnité ne compense que les droits non-utilisés relevant des 4 premières semaines de congé annuel par période de référence.

l’indemnité compensatrice de congé annuel non pris en fin de relation de travail est calculée comme suit :

La rémunération mensuelle brute prise en compte pour le calcul de l’indemnité compensatrice de congé annuel non pris en fin de relation de travail correspond à la dernière rémunération versée au titre de l’exercice effectif des fonctions sur 1 mois d’exercice complet. Le cas échéant, cette rémunération tient compte des évolutions de la situation statutaire ou indemnitaire de l’agent qui sont intervenues entre la dernière date d’exercice effectif des fonctions et la date de fin de relation de travail.
Elle intègre le traitement indiciaire, l’indemnité de résidence, le supplément familial de traitement et les primes et indemnités instituées par une disposition législative ou réglementaire ;

Sont exclus de l’assiette de la rémunération brute utilisée pour le calcul de l’indemnité compensatrice :

– les versements exceptionnels ou occasionnels, notamment liés à l’appréciation individuelle ou collective de la manière de servir ;
– les primes et indemnités qui ont le caractère de remboursement de frais ;
– les participations au financement des garanties de la protection sociale complémentaire ;
– les versements exceptionnels ou occasionnels liés aux indemnités relatives aux primo-affectations, aux mobilités et aux restructurations, ainsi que toutes autres indemnités de même nature ;
– les indemnités versées au titre d’une activité accessoire ainsi que les autres indemnités non directement liées à l’emploi ;
– les versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur unique ;
– les indemnités liées à l’organisation du travail et au dépassement effectif du cycle de travail. Par dérogation, les indemnités pour heures supplémentaires annualisées mentionnées dans le décret du 6 octobre 1950 susvisé sont incluses dans l’assiette de la rémunération brute. »

Les deuxième, troisième, quatrième et cinquième alinéas de l’article 5 du décret du 15 février 1988 concernant l’indemnité compensatrice des agents contractuels sont supprimés.